Vì khao khát trở thành người hùng, SpongeBob quyết định chứng minh lòng dũng cảm của mình với ông Krabs bằng cách đi theo Thuyền trưởng Bay – một tên cướp biển ma bí ẩn – trong một cuộc phiêu lưu trên biển đưa cậu đến những vùng sâu thẳm nhất của đại dương, nơi chưa từng có chú Bọt biển nào đặt chân đến.